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Fue creado el 21 de abril de 1994, mediante la integración de funciones que antes estaban atribuidas a varias entidades, como la Academia de Ciencias de Cuba, la Comisión de Energía Atómica de Cuba, la Secretaría de Asuntos Nucleares; la Comisión Nacional del Medio Ambiente y del Uso Racional de los Recursos Naturales; la Comisión Rectora del Gran Parque Nacional Sierra Maestra, los restantes parques nacionales, reservas de la biosfera y áreas protegidas.
Entre sus funciones más importantes se encuentran las de elaborar y proponer al Consejo de Ministros las estrategias y políticas en materia de ciencia y tecnología, así como las que conduzcan a garantizar la protección del medio ambiente y el uso racional de los recursos naturales integrándolas al desarrollo sostenible del país.
Estas propuestas se realizan con la participación de la comunidad científica y otros agentes del cambio tecnológico, a partir de las cuales se conforma el Plan Nacional de Ciencia y Tecnología que incorpora los objetivos, prioridades, líneas y programas correspondientes. Una vez aprobado el Plan, lo dirige y controla mediante la ejecución de los Programas Nacionales de Investigación Científica y de Innovación Tecnológica.
El CITMA dirige y coordina la constante integración de los factores científicos, tecnológicos, productivos y ambientales en la generación y utilización de conocimientos, proceso que caracteriza la actividad creadora cubana y que se materializa en la actividad de los Polos Científicos, los Frentes Temáticos y otras agrupaciones que combinan sus conocimientos y recursos en torno a actividades de alta prioridad.
El Ministerio tiene el papel rector en cuanto a la política de ingreso y renovación del potencial humano vinculado con la actividad científica e innovación tecnológica y establece las bases para las relaciones en materia de transferencia de resultados, las normas técnicas y bases metodológicas necesarias para evaluar la importación y exportación de tecnologías y su impacto económico, social y ambiental. Evalúa sistemáticamente las capacidades científicas y tecnológicas existentes.
Son también funciones del Ministerio, las de dirigir, evaluar y controlar la vigilancia meteorológica del clima, la radiología y los servicios sismológicos, las reservas naturales, las áreas protegidas, la educación ambiental y las actividades de las instituciones recreativo-educacionales como zoológicos, jardines botánicos, museos y acuarios; promover, impulsar y controlar el uso pacífico de la energía nuclear; y proponer, evaluar y controlar la política de información y divulgación científica y técnica especializada.
El Ministerio tiene también a su cargo las actividades de propiedad industrial y de archivos históricos. Tiene la responsabilidad de dirigir las acciones de colaboración internacional en materia de ciencia, tecnología y medio ambiente, así como de coordinar la participación nacional en relación con estos temas en organizaciones, organismos y tratados internacionales.
El CITMA cuenta también con empresas de servicios generales y comercializadoras, así como delegaciones en cada una de las provincias y el municipio especial Isla de la Juventud.
