PubMed
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PubMed. Es una base de datos de citas y resúmenes de millones de artículos publicados por miles de revistas. Incluye enlaces a los artículos a texto completo de varios miles de sitios web de publicaciones científicas.
Sumario
Características
PubMed ha sido desarrollado por la National Center for Biotechnology Information (NCBI) en la National Library of Medicine (NLM) de Estados Unidos. PubMed permite el acceso a las bases de datos compiladas por la NLM, como son MEDLINE, PreMEDLINE (compuesta por citas enviadas por los editores), Genbak y Complete Genoma.
PubMeddispone de varias modalidades de búsqueda. En la pantalla de inicio podemos buscar por términos, frases, autores etc.
Los limitadores (Limits)
Permiten acotar la búsqueda por tipo de documentos, idiomas, edad, etc.
La opción de índices (Index)
Visualiza los términos presentes en los diferentes índices.
Descriptor (MeSH)
Autor, palabra del título o resumen, revista etc. También podemos optar por consultar directamente el descriptor pulsando en el menú MeSH Database¸ consultar una revista en Journal Database. Resulta de gran utilidad para las búsquedas de información clínica el filtro metodológico CLINICAL QUERIES, elaborado con una metodología de MBE, poniendo el énfasis en la terapia, diagnóstico, etiología o pronóstico o localizar revisiones sistemáticas o metaanálisis.
Otras opciones disponibles en PubMed son las siguientes:
- Nucleotide (Secuencias de ADN).
- Protein (secuencias de aminoácido).
- Genome (citas y graficos del genoma).
- Structure (estructuras moleculares en tres dimenciones).
- PM o PubMed Central (archivos digitales a texto completo gratuitos).
- Taxonomy (base de datos con los nombres de todos los organismos representados en las bases de datos genéticas).
- OMIN (base de datos de genes humanos).
- Books (colección de libros a texto completo).
Sus programas abarcan desde la salud de los consumidores de información, la literatura médica, datos genéticos -en apoyo al Proyecto del Genoma Humano-. Y sus colecciones son las más grandes del mundo, desde manuscritos del siglo XI, hasta las revistas electrónicas de nuestros días.
Iniciar una búsqueda
Para iniciar la búsqueda en PubMed, introduzca el término o frase en el formulario de búsqueda y pulse el botón Go o la tecla enter. Si el término está compuesto por más de una palabra (ej. HIV Seropositivy), PubMed automáticamente combina mediante el operador lógico (AND) los términos introducidos utilizando el sistema de mapeo automático de términos (véase al final del documento "Mapeo automático de términos"). Por el contrario, si lo que deseamos es buscar una frase, debemos escribirla entre comillas (ej. "rheumatic diseases").
¿Cómo utilizar el portapapeles?
El Clipboard o Portapapeles permite guardar y ver más adelante, para imprimir, enviar por e-mail o volcar en disquete, las citas seleccionadas de una o varias búsquedas. El número máximo de citas que se puede guardar es de 500. Para agregar una o varias citas en el portapapeles, pulse en el cuadro a la izquierda de la cita y luego seleccione en “Send to” la opción “Clipboard”.
Una vez agregadas (hasta un máximo de 500 referencias), el numero cambia al color verde. Para recuperar todas las referencias almacenadas en el Portapapeles, debemos pulsar en la barra de menú Clipboard. El Clipboard se pierde después de una hora de inactividad en PubMed.
Las citas en el clipboard se pueden guardar e imprimir de la misma manera que las opciones de búsqueda. Para borrar las citas del clipboard, marque las referencias y a continuación seleccione en “Send to” la opción “Clip Remove”.
¿Cómo utilizar History / Histórico?
PubMed guardará todas sus estrategias de búsqueda y resultados en History. History solo está disponible después de haber realizado la primera búsqueda. Nos muestra en orden correlativo todas las búsquedas según el orden en que se hicieron precedidas del signo #. Para ver los resultados pulse en el número de resultados. Puede combinar las búsquedas o agregar términos a la existente utilizando el signo # antes del número de búsqueda ej.: #2 AND #6, ó #3 AND drug therapy. Una vez revisada la estrategia solo pulse en Go. En History puede guardar hasta 100 búsquedas. Se pierde después de una hora de inactividad.
Mostrar los documentos
Las citas de PubMed inicialmente se muestran en formato abreviado. Los documentos pueden visualizarse en otros formatos: Summary (default), Brief, Abstract, Citation, MEDLINE, ASN.1, XML, UI List, Link Out, Related Articles, Domain Links.
Pubmed services
MeSH Database
El Medical Subject Headings (Descriptores de Ciencias de la Salud) es un vocabulario controlado de términos biomédicos que identifican el contenido de cada artículo en la base de datos MEDLINE. El MeSH contiene unos 33000 términos que son revisados anualmente y reflejan los cambios en la práctica médica y en la terminología.
La búsqueda en el MeSH Database permite mostrar términos MeSH en una estructura jerárquica a partir de 15 grandes categorías, seleccionar los términos MeSH para la búsqueda, limitar los términos MeSH a un concepto mayor (tema principal). Los descriptores MeSH pueden ser utilizados con subheadings, subencabezamientos que permiten concretar en uno o varios aspectos específicos el término.
Cuando introducimos un término que no es MeSH, el sistema nos indicará que no es un término MeSH, o bien mostrará el término aceptado.
Una vez seleccionados los criterios del término, para efectuar su búsqueda en PubMed, disponemos de dos opciones:
a) podemos pulsar “Link” (en el margen derecho del término MeSH), seleccionamos PuBMed y directamente nos realizará la búsqueda del MeSH seleccionado.
b) si deseamos utilizar losoperadores booleanos AND, OR, NOT entre varios términos MeSH, debemos pulsar “Sen to” y seleccionar el operador. A continuación escribimos un nuevo término repitiendo los anteriores pasos. Los términos que vayamos seleccionando irán apareciendo en el formulario de búsqueda. Para comenzar la búsqueda ulsar “Search PubMed”.
La opción de la consulta del MeSH también está disponible desde Limits desde donde podemos limitar la búsqueda a la opción de MeSH (Date, Major Topics, Terms), pero debemos conocer el término MeSH aceptado, en caso contrario no lo localizará. Si tenemos problemas para encontrar un término en inglés, una buena opción es consultar el MeSH en español de HONselect o los Descriptotes de Ciencias de la Salud (DeSC) de Bireme, que describen el término, su estructura jerárquica y su equivalente en inglés.
Journal Database
Esta opción permite buscar las revistas indizadas en Medline por diversos criterios: título, abreviatura del título o el ISSN (International Standard Serial Number) correspondiente. También podemos consultarlas por especialidades, o bien aquellas que permiten acceder al texto completo desde PubMed.
Se pueden localizar las publicaciones por el nombre completo, ej., Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica; por la abreviatura internacional. Una vez recuperada una revista, si deseamos que recupera todas las referencias incluidas en PubMed, pulsamos “Link” y seleccionamos “PubMed”.
¿Cómo utilizar el Single Citation Matcher?
El Citation Matcher es un buscador de referencias que parte del nombre de la revista, volumen, edición, número de página y año de publicación. Debe introducir los datos conocidos de la referencia. PubMed le informará si no encuentra resultados. Es una herramienta muy útil para localizar referencias bibliográficas incompletas, verificar datos o simplemente localizar una referencia.
¿Qué es el Bath Citation Matcher?
Permite buscar los números que identifican a cada artículo (PubMed IDs) o de varios artículos a la vez, de forma similar al Single Citation Matcher. Requiere datos bibliográficos (revista, volumen, página, etc.) en un formato específico. El número IDs, identificativo de una referencia en PubMed, permite, por ejemplo, enlazarlo a las referencias bibliográficas de un artículo en formato HTML. Para ejecutarlo debemos realizar los siguientes pasos:
- ) Recuperamos la referencia en el Batch Citation Matcher.
- ) Copiamos el IDs, lo marcamos y pulsamos en "Edición" "copiar".
- ) Marcamos la referencia donde deseamos vincularlo (también suele ponerse a continuación de la referencia [Medline] [Resumen]… y
- ) por último seleccionamos la opción de "insertar hipervínculo" y aceptamos. La palabra o texto seleccionado queda vinculado al número del resumen de Medline.
Clinical Queries
Es un buscador especializado que tiene incorporados "filtros metodológicos":
- Search by Clinical Study Category.
- Find Systematic Reviews.
- Medical Genetics Searches.
Clinical Study Category: propone cuatro categorías: terapéutica (therapy), diagnóstico (diagnosis), etiología (etiology) y pronóstico (prognosis). Pone énfasis sobre dos posibilidades:
- Sensibilidad (sensitivity), recuperará artículos relevantes y no tan relevantes
- Especificidad (specificity), es más precisa pero recupera menos artículos.
Estos filtros se fundamentan en el artículo de Haynes RB, Wilczynski N, McKibbon KA, Walker CJ, Sinclair JC Developing optimal search strategies for detecting clinically sound studies in MEDLINE. J Am Med Inform Assoc 1994 Nov-Dec; 1 (6): 447-58 [Texto completo] Systematic Reviews: localiza los artículos de revisiones sistemáticas y meta-análisis, revisiones de ensayos clínicos, conferencias de consenso, guías de práctica clínica etc. Medical Genetics: recupera registros relacionados con la genética médica. Se pueden aplicar diferentes criterios de búsqueda: Diagnosis, Differential Diagnosis…
My NCBI
La opción “My NCBI” sustituye a Cubby. Para activar esta opción, debemos registrarnos previamente en “Register” recuadro parte superior derecha de lapágina. Permite:
- Salvar estrategias de búsqueda. Una vez realizada la búsqueda, pulsar “Save Search” que se encuentra a continuación del formulario/barra de búsqueda. Existen dos opciones para la actualización de la búsqueda:
- Podemos optar por recibir las actualizaciones automáticas vía e-mail, que nos permite
establecer fecha de envío, formato, número de registros…
- Archivarlas en la propia página de PubMed. Para recuperar las actualizaciones, desde el
menú “PubMed Services”, seleccionar “My NCBI” y recuperamos las búsquedas guardadas. Establecer hasta cinco filtros personalizados. Para visualizar los filtros de PubMed, pulsar el icono , por defecto aparecen:
- Clinical Trial.
- Inglés.
- Free Full text.
- Full text.
- Humans.
- Ítems with Abstracts.
- Publisher in the last 5 years.
- Review.
Esta opción también está disponible desde el menú lateral “My NCBI Resources”, desde la opción “Filters” y seleccionando PubMed. Podemos modificar las opciones de este filtro pulsando la pestaña de “Browse” y establecer filtros personalizados:
- Linkout: permite acceder a filtros externos, incluido la colección de revistas de una Biblioteca. Para ver la relación de Centros que han activado esta opción, pulsar “Libraries”. Las opciones de acceso a los textos completos, está disponible en “Miscellaneous”.
- Links: vínculos a otras bases de datos.
- Properties: filtro por áreas de interés: edades, genero, idioma (incluido español), tipos de estudio, fecha de publicación, áreas de interés (enfermería, odontología, historia de la medicina…).
Una vez definidos los filtros, en los resultados de cada búsqueda, aparecen las pestañas con los filtros que hayamos activado. Cuando accedemos a PubMed, si ya nos hemos registrado, para activar la opción de “My NCBI”, debemos introducir nuestras claves en “Sign In” (parte superior derecha de la página).
PubMed para Palm
PubMed dispone de un servicio para volcar los resultados de las búsquedas en Palm:
- Search MEDLINE/PubMed
- Journal Abstracts
- ClinicalTrials
La aplicación está disponible para Palm OS®, PocketPC®, and Linux® personal digital assistants (PDAs).
Mapeo automático de términos
Enlaza automáticamente un término o frase que no es término MeSH, al término MeSH que mejor lo describe. Los términos no MeSH introducidos son comparados (en este orden) contra los siguientes cuadros de búsqueda: MeSH; revistas; lista de frases e índice de autores:
- Cuadro de traducción a MeSH: Contiene los términos MeSH, subencabezamientos y sinónimos del MeSH.
- Cuadro de traducción de revistas: Contiene el nombre completo de la revista, abreviatura y número de ISSN.
- Cuadro de frases: Si no encuentra resultados en el MeSH ni en las revistas, PubMed consulta un listado de frases provenientes del análisis de los títulos, resúmenes y nombres de los principios activos
- Indice de autores: Si no localiza los anteriores apartados, PubMed revisa el índice de autores.
En el supuesto de que PubMed no encuentre resultados, descompone la frase hasta encontrar resultados. Si fueran positivos, combinará los términos mediante el operador AND y buscará en todos los campos.
Recursos desarrollados a partir de PubMed
Son recursos desarrollados a partir del PubMed:
- BioMail: en http://berlioz.informatics.sunysb.edu/cgi-bin/biomail/users.pl
- Infodoctor: en http://www.infodoctor.org/rafabravo/busmedline.html
- Medportal: en http://www.medportal.com/
- MedFetch: en http://www.medfetch.com/
- PubGle: en http://www.pubgle.com/buscar.htm
- SumSearch: en http://sumsearch.uthscsa.edu/cgi-bin/SUMSearch.exe
¿Para quién está dirigido?
Profesionales de la Salud, investigadores, científicos, y estudiantes del sector de la medicina fundamentalmente.
